Segmenter le cœur
Dans ce chapitre, nous travaillerons avec des données d'imagerie par résonance magnétique (RM) provenant du jeu de données cardiaques de Sunnybrook. L'image complète est une série temporelle 3D couvrant un seul battement de cœur. Ces données servent aux radiologues à mesurer la fraction d'éjection : la proportion de sang éjectée du ventricule gauche à chaque contraction.
Pour commencer, segmentez le ventricule gauche à partir d'une seule coupe du volume (im). Vous allez d'abord filtrer et masquer l'image, puis attribuer une étiquette à chaque objet avec ndi.label().
Les exercices de ce chapitre utilisent les importations suivantes :
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'images biomédicales en Python
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)