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  3. Analyse d'images biomédicales en Python
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Exercice

Ajuster un masque

On peut ajuster des masques imparfaits en ajoutant ou en retirant des pixels. SciPy offre plusieurs méthodes utiles pour y parvenir, notamment :

  • binary_dilation : ajouter des pixels le long des bords
  • binary_erosion : retirer des pixels le long des bords
  • binary_opening : éroder puis dilater, pour « ouvrir » les zones près des bords
  • binary_closing : dilater puis éroder, pour « combler » les trous

Dans cet exercice, créez un masque des os, puis ajustez-le pour inclure des pixels additionnels.

Pour les exercices restants, nous avons déjà exécuté l'import suivant pour vous : 

import scipy.ndimage as ndi

Instructions

100 XP
  • Créez un masque des os en sélectionnant les pixels de im qui sont supérieurs ou égaux à 145.
  • Utilisez ndi.binary_dilation() pour augmenter la taille de mask_bone. Réglez le nombre d'iterations à 5 pour effectuer la dilatation plusieurs fois.
  • Utilisez ndi.binary_closing() pour combler les trous dans mask_bone. Réglez le nombre d'iterations à 5 pour combler des trous jusqu'à 10 pixels de largeur.
  • Tracez le masque original et le masque ajusté.