Die Struktur von .mat in Python

Hier erfährst du, was sich in dem MATLAB- Dictionary befindet, das du in der vorherigen Übung geladen hast.

Die Datei 'albeck_gene_expression.mat' ist bereits in die Variable mat geladen. Die folgenden Bibliotheken wurden bereits wie folgt importiert:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Auch diese Datei enthält Genexpressionsdaten aus dem Albeck Lab der UCDavis.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Einführung in das Importieren von Daten in Python</Kurs>

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Übungsanweisungen

Nutze die Methode .keys() auf dem Dictionary mat, um die Schlüssel auszugeben. Die meisten dieser Schlüssel (nämlich die, die auf NOT mit „__“ anfangen und enden) sind Variablen aus der entsprechenden MATLAB-Umgebung.
Gib den Typ des Wertes, der dem Schlüssel 'CYratioCyt' entspricht, in mat aus. Denke daran, dass mat['CYratioCyt'] auf den Wert zugreift.
Gib die Form des Wertes aus, der dem Schlüssel 'CYratioCyt' entspricht, mit der Funktion numpy shape().
Führe das gesamte Skript aus, um einige Daten zur oszillierenden Genexpression zu sehen!

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

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