Začněte nyníZačněte zdarma

Měření dědivosti

Pearsonův korelační koeficient je podíl kovariance a geometrického průměru rozptylů obou datových sad. Měří korelaci mezi rodiči a potomky, ale nemusí být nejlepším odhadem dědivosti. Když se nad tím zamyslíme, dává větší smysl definovat dědivost jako poměr kovariance rodičů a potomků k rozptylu samotných rodičů. V tomto cvičení odhadneš dědivost a pomocí párového bootstrapu vypočítáš 95% interval spolehlivosti.

Toto cvičení poukazuje na velmi důležitý bod. Statistická inference (a analýza dat obecně) není jen mechanické dosazování do vzorců. Je potřeba pečlivě přemýšlet o tom, na jaké otázky chceš svými daty odpovědět, a zvolit odpovídající přístup. Pokud tě zajímá, jak moc jsou znaky dědičné, je námi definovaná dědivost vhodnější mírou než hotová statistika – Pearsonův korelační koeficient.

Nezapomeň, že data jsou uložena v bd_parent_scandens, bd_offspring_scandens, bd_parent_fortis a bd_offspring_fortis.

Toto cvičení je součástí kurzu

Statistical Thinking in Python (Part 2)

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

  • Napiš funkci heritability(parents, offspring), která vypočítá dědivost jako podíl kovariance znaku u rodičů a potomků a rozptylu znaku u rodičů. Nápověda: Vzpomeň si na funkci np.cov(), kterou jsme probírali v předchozím kurzu.
  • Pomocí této funkce vypočítej dědivost pro G. scandens a G. fortis.
  • Získej 1000 bootstrap replikátů dědivosti pomocí párového bootstrapu pro G. scandens a G. fortis.
  • Vypočítej 95% interval spolehlivosti pro oba druhy pomocí svých bootstrap replikátů.
  • Výsledky vypiš.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

def heritability(parents, offspring):
    """Compute the heritability from parent and offspring samples."""
    covariance_matrix = np.cov(parents, offspring)
    return ____ / ____

# Compute the heritability
heritability_scandens = ____
heritability_fortis = ____

# Acquire 1000 bootstrap replicates of heritability
replicates_scandens = draw_bs_pairs(
        ____, ____, ____, size=____)
        
replicates_fortis = draw_bs_pairs(
        ____, ____, ____, size=____)


# Compute 95% confidence intervals
conf_int_scandens = ____
conf_int_fortis = ____

# Print results
print('G. scandens:', heritability_scandens, conf_int_scandens)
print('G. fortis:', heritability_fortis, conf_int_fortis)
Upravit a spustit kód