Reads 比对

在 RNA-Seq 分析流程中，我们从测序平台获得原始 FASTQ 测序文件。我们会评估每个样本的序列 reads 质量，然后通过比对确定这些 reads 在基因组上的来源位置。接着，我们利用 reads 的比对位置信息生成计数矩阵，并以此开始差异表达分析。为了生成计数矩阵，量化的是什么？