DESeq2 模型——提取结果
注意: 加载此练习可能需要更长一些的时间。
在查看离散度并确认数据与 DESeq2 模型较为契合之后,我们希望提取差异分析结果。
假设之前的步骤都已完成,包括创建 DESeq2 对象 dds_smoc2,并已运行 DESeq() 函数。
本练习是课程的一部分
使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析
练习说明
- 使用
results()函数,在比较中指定 contrast,并将显著性阈值 alpha 设为0.05。对于关注的条件condition,输出fibrosis样本组相对于normal样本组的结果,并以normal样本组作为基准水平(base level)。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___,
___ = ___,
alpha = ___)