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DESeq2 模型——提取结果

注意: 加载此练习可能需要更长一些的时间。

在查看离散度并确认数据与 DESeq2 模型较为契合之后,我们希望提取差异分析结果。

假设之前的步骤都已完成,包括创建 DESeq2 对象 dds_smoc2,并已运行 DESeq() 函数。

本练习是课程的一部分

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

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练习说明

  • 使用 results() 函数,在比较中指定 contrast,并将显著性阈值 alpha 设为 0.05。对于关注的条件 condition,输出 fibrosis 样本组相对于 normal 样本组的结果,并以 normal 样本组作为基准水平(base level)。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)
编辑并运行代码