创建 DE 对象
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使用我们的 smoc2 过表达样本，创建一个 DESeq2 对象，使设计公式能够用于比较纤维化样本与正常样本之间的表达差异。实验的元数据如下所示。我们已按相同的样本顺序读入了 smoc2 原始计数 reordered_smoc2_rawcounts 和元数据 smoc2_metadata。
本练习是课程的一部分
使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析
练习说明
使用
DESeqDataSetFromMatrix()函数并指定countData、colData和design参数，创建名为dds_smoc2的 DESeq2 对象。运行
DESeq()函数，以估计大小因子、计算离散度，并执行模型拟合与检验。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)