DESeq2 结果探索
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为减少返回的差异表达基因数量，并降低这些基因在生物学上不具意义的可能性，我们将使用一个较小的 log2 倍数变化阈值来判定差异表达基因。
本练习是课程的一部分
使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析
练习说明
像之前一样，使用
results()函数提取 smoc2 的结果，alpha设为 0.05，且将condition的基准水平设为normal。不过这一次，请使用 0.32 的 log2 倍数变化阈值。假设之前的步骤都已完成，包括创建 DESeq2 对象dds_smoc2，并已运行DESeq()函数。使用
lfcShrink()函数对 log2 倍数变化进行收缩。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Explore the results() function
?results
# Extract results
smoc2_res <- ___(___,
contrast = ___,
alpha = ___,
lfcThreshold = ___)
# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___,
___,
res = ___)