Menormalkan hitungan dengan DESeq2
Kami telah membuat objek DESeq2 dan sekarang ingin melakukan pengendalian mutu pada sampel. Karena itu, kita perlu menghasilkan hitungan ternormalisasi (ternormalisasi untuk ukuran pustaka, yaitu total jumlah hitungan gen per sampel, sambil memperhitungkan komposisi pustaka). Untuk memperoleh hitungan ternormalisasi, gunakan objek DESeq2 dan hasilkan matriks hitungan ternormalisasi.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
RNA-Seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
Estimasikan faktor ukuran untuk data hitungan smoc2 menggunakan fungsi
estimateSizeFactors()dan simpan kembali ke objekdds_smoc2Ekstrak nilai hitungan ternormalisasi dari
dds_smoc2dan simpan sebagaismoc2_normalized_countsmenggunakan fungsicounts().
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)