Eksplorasi hasil DESeq2

CATATAN: Memuat latihan ini mungkin memerlukan sedikit waktu lebih lama.

Untuk mengurangi jumlah gen DE yang kita kembalikan dan mengurangi kemungkinan gen DE tersebut bermakna secara biologis, kita akan menggunakan ambang perubahan lipat log2 yang kecil untuk menentukan gen DE.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

RNA-Seq dengan Bioconductor di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Ekstrak hasil smoc2 menggunakan fungsi results(), seperti sebelumnya, dengan alpha 0,05 dan dengan normal sebagai level dasar dari condition. Namun, kali ini gunakan ambang perubahan lipat log2 sebesar 0,32. Asumsikan semua langkah sebelumnya sudah dijalankan, termasuk pembuatan objek DESeq2, dds_smoc2, dan menjalankan fungsi DESeq().
Lakukan penyusutan (shrinkage) pada log2 fold change menggunakan fungsi lfcShrink().

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Edit dan Jalankan Kode