Análisis de DE en RNA-Seq - planificación experimental

La clave de un análisis de expresión diferencial en RNA-Seq exitoso es una buena planificación experimental. Para ayudar a evitar efectos de lote y separar nuestras fuentes conocidas de variación entre grupos de muestras, vamos a elegir la mejor forma de agrupar en lotes las muestras para nuestro experimento de RNA-Seq planificado.

Nuestros metadatos contienen información sobre las muestras, entre ellas:

• sample: nombre de la muestra
• treatment: A o B
• sex: M o F
• replicate: 1, 2, 3, 4

Debido al largo proceso de extracción de tejido, solo puedes aislar el RNA de 4 muestras al mismo tiempo, y tenemos 4 réplicas biológicas por grupo. ¿Cuál de las siguientes opciones propone la mejor forma de agrupar en lotes las muestras para RNA Isolation y así evitar efectos de lote?

• Option A:

• Option B:

• Option C:

• Option D: