Crear el objeto DE

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Usando nuestras muestras con sobreexpresión de smoc2, crea el objeto de DESeq2 de forma que la fórmula de diseño especifique la comparación de las diferencias de expresión entre las muestras de fibrosis y las normales. Los metadatos del experimento se muestran abajo. Ya hemos leído los datos con las muestras en el mismo orden tanto para los conteos brutos de smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, como para los metadatos, smoc2_metadata.

smoc2 metadata

Este ejercicio forma parte del curso

RNA-Seq con Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

Crea un objeto DESeq2 llamado dds_smoc2 usando la función DESeqDataSetFromMatrix() especificando los argumentos: countData, colData y design.
Ejecuta la función DESeq() para estimar los factores de tamaño, calcular las dispersiones y realizar el ajuste del modelo y las pruebas.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)

Editar y ejecutar código