Resultados de DESeq2 - reducción de LFC
NOTA: Cargar este ejercicio puede tardar un poco más.
Para mejorar las estimaciones del cambio de pliegue en nuestros datos, queremos tomar nuestros resultados y reducir los cambios de pliegue en log2 usando la función lfcShrink().
Supón que ya se han ejecutado todos los pasos previos, incluida la creación del objeto de DESeq2, dds_smoc2, la ejecución de la función DESeq() y la extracción de los resultados, smoc2_res.
Este ejercicio forma parte del curso
RNA-Seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Realiza la reducción de los cambios de pliegue en log2 usando la función
lfcShrink().
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)