Exploración de resultados de DESeq2

NOTA: Puede que este ejercicio tarde un poco más en cargar.

Para reducir el número de genes DE que devolvemos y disminuir la probabilidad de que los genes DE sean biológicamente significativos por azar, vamos a usar un pequeño umbral de cambio en la expresión en log2 para determinar los genes DE.

Este ejercicio forma parte del curso

RNA-Seq con Bioconductor en R

Ver curso

Instrucciones del ejercicio

Extrae los resultados para smoc2 usando la función results(), como antes, con un alfa de 0.05 y con normal como nivel base de condition. Sin embargo, esta vez usa un umbral de cambio en la expresión en log2 de 0.32. Supón que se han ejecutado todos los pasos previos, incluida la creación del objeto de DESeq2, dds_smoc2, y la ejecución de la función DESeq().
Realiza el ajuste (shrinkage) de los cambios en la expresión en log2 usando la función lfcShrink().

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Editar y ejecutar código