Normalizar recuentos con DESeq2

Ya hemos creado el objeto de DESeq2 y ahora queremos realizar control de calidad en nuestras muestras. Para ello, necesitamos generar los recuentos normalizados (normalizados por tamaño de biblioteca, que es el número total de recuentos de genes por muestra, teniendo en cuenta la composición de la biblioteca). Para obtener los recuentos normalizados, utiliza el objeto de DESeq2 y genera la matriz de recuentos normalizados.

Este ejercicio forma parte del curso

RNA-Seq con Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

Estima los factores de tamaño para los datos de recuento de smoc2 usando la función estimateSizeFactors() y guarda el resultado de nuevo en el objeto dds_smoc2.
Extrae los valores de recuentos normalizados de dds_smoc2 y guárdalos como smoc2_normalized_counts usando la función counts().

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

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