Modelo DESeq2 - extracción de resultados
NOTA: Cargar este ejercicio puede tardar un poco más.
Después de explorar las dispersiones y comprobar que los datos se ajustan bien al modelo de DESeq2, queremos extraer los resultados.
Supón que ya se han ejecutado todos los pasos previos, incluida la creación del objeto de DESeq2, dds_smoc2, y la ejecución de la función DESeq().
Este ejercicio forma parte del curso
RNA-Seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Usa la función
results()para especificar el contraste de la comparación con un alfa de0.05. Para la condición de interés,condition, muestra los resultados del grupo de muestrasfibrosisen relación con el grupo de muestrasnormal, de modo que el gruponormalsea el nivel base.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___,
___ = ___,
alpha = ___)