¿Qué picos son diferentes?
Vamos a ver en qué se diferencian las muestras en cuanto a las llamadas de picos. Si miramos los picos fusionados con los que has trabajado antes, ¿cuántos picos se comparten entre las distintas muestras?
Un gráfico que puede responder a esta pregunta es un diagrama de Venn. Se pueden crear directamente a partir del objeto de DBA usando la función dba.plotVenn(). Como alternativa, puedes usar un gráfico UpSet, que puedes crear con el paquete UpSetR. Este sustituye las elipses de un diagrama de Venn por una serie de diagramas de barras que indican el tamaño de distintos subconjuntos. La función upset() requiere que le proporciones un data frame con una columna por cada conjunto (es decir, por muestra) que indique la pertenencia de cada pico al conjunto. Los datos necesarios están en el campo called del objeto ar_diff.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)