Resumir las diferencias en la unión de proteínas
La última figura de los picos con unión diferencial que verás en esta lección es un diagrama de caja. Este tipo de gráfico es útil para resumir la distribución de las intensidades de pico en cada muestra. DiffBind proporciona la función dba.plotBox() para este propósito. Los diagramas de caja destacan la posición de la mediana en distintos grupos, así como la dispersión de los datos a su alrededor. La figura generada por DiffBind compara los dos grupos (tumor primario y resistente al tratamiento), además de subgrupos formados por los picos con unión diferencial. Además del propio gráfico, dba.plotBox() también devuelve valores p para las comparaciones por pares entre estos grupos.
Como antes, los resultados del análisis de unión diferencial están disponibles como ar_diff.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Crea un diagrama de caja de las intensidades de los picos.
- Revisa los valores p devueltos. ¿Qué conjuntos de picos son significativamente diferentes entre sí?
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)