Un vistazo más de cerca a las rutas
En este ejercicio, construirás una URL que enlaza a una ruta identificada por el análisis de enriquecimiento y resalta los genes con picos de ChIP-seq. Esto te permite obtener una visión general de cómo interactúan entre sí los genes, o mejor dicho, las proteínas que codifican, y con otras proteínas. Con algo de experiencia, esto puede sugerir rápidamente posibles mecanismos que expliquen las diferencias entre los grupos del estudio.
El formato general de estas URLs es: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Construirás la URL necesaria para mostrar la ruta principal del análisis de enriquecimiento, destacando los genes asociados con picos. Los objetos top_path y genes que creaste antes están disponibles para ti en el espacio de trabajo.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Añade el ID de la ruta a la URL.
- Combina en una sola cadena los IDs de los genes de la ruta que estuvieron asociados a picos, separados por
'+'. - Añade la cadena de selección de genes a la URL.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")