Lectura de archivos BED
En este ejercicio, cargarás las llamadas de picos desde un archivo BED y usarás la información sobre las ubicaciones de los picos para extraer las lecturas que se solapan con esos picos a partir de un archivo BAM.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Usa la función
import.bedpara cargar las llamadas de picos desde chr20_peaks. - Usa estas llamadas de picos para crear un objeto
BamViewspara chr20_bam. - Carga las lecturas que se solapan con las llamadas de picos.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)