Llamadas de picos
Las lecturas se distribuyen por todo el genoma, pero las regiones unidas por la proteína de interés atraerán muchas lecturas solapadas, generando picos en la cobertura. Estos picos suelen registrarse con sus coordenadas genómicas y con una puntuación que indica la intensidad de la señal observada para ese pico.
Se ha cargado en R un conjunto de llamadas de picos para ti. Las llamadas de picos están almacenadas en un objeto GenomicRanges llamado peaks. Además de las funciones habituales para acceder al contenido de los objetos GenomicRanges, hay dos funciones prácticas para las llamadas de picos. Puedes usar la función chrom para obtener el cromosoma en el que se encuentra un pico y la función score para obtener su puntuación.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Imprime un resumen de
peaks. - Usa la función
score()para encontrar el índice del pico con mayor puntuación. - Extrae las coordenadas genómicas del pico con mayor puntuación usando las funciones
chrom()yranges().
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___