Gráfico MA
Un gráfico MA muestra las diferencias entre dos grupos en relación con la intensidad media de la señal. Es útil para evaluar posibles sesgos en los datos. En general, no se espera que la mayoría de las intensidades de los picos cambien entre condiciones. Esto significa que los puntos del gráfico deberían agruparse alrededor de una línea horizontal en 0, lo que corresponde a ausencia de cambio. Los gráficos MA también sirven para hacerse una idea rápida del tamaño de las diferencias entre grupos.
Al igual que las funciones de visualización que usaste antes, DiffBind incluye una función, dba.plotMA(), para crear gráficos MA que extrae toda la información necesaria del objeto DBA.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Usa la función
dba.plotMA()para crear un gráfico MA. - Echa un vistazo al gráfico. Fíjate en cómo se resaltan las diferencias significativas.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create an MA plot
___(ar_diff)