Genes que marcan la diferencia
Identificar picos de ChIP-seq está muy bien, pero no te dice gran cosa sobre lo que ocurre dentro de una célula.
En este ejercicio tendrás un adelanto de cómo usar anotaciones del genoma para interpretar resultados de ChIP-seq. Se han cargado en tu sesión de R dos
conjuntos de genes. El primero, ar_sets, contiene una lista de todos los genes asociados
con picos en los tumores primarios y en los resistentes al tratamiento. El segundo, db_sets, es un subconjunto del primero que
incluye solo los genes asociados con picos que muestran evidencias de unión diferencial entre ambas condiciones.
Usarás la función upset() del paquete UpSetR para visualizar el solapamiento entre los conjuntos de genes de las
muestras de tumor primario y de tumor resistente al tratamiento.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Echa un vistazo a los conjuntos completos de genes almacenados en el objeto
ar_sets. - Visualiza el solapamiento entre ambos grupos usando la función
upset(). - Revisa los genes con unión diferencial.
- Visualiza el solapamiento de los picos con unión diferencial entre los dos grupos usando la función
upset().
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))