Ajustar el modelo
Ya estás listo para realizar el análisis de unión diferencial. Esto te dirá qué picos difieren significativamente en intensidad entre los dos tipos de tumor. Saber qué picos difieren entre grupos será la base de análisis posteriores que buscan determinar los mecanismos subyacentes que provocan estas diferencias. Por ahora, vamos a buscar los picos con unión diferencial. La función dba.analyze() de DiffBind te permite hacerlo. En el ejercicio anterior, estableciste el contraste para la comparación entre tipos de tumor. Usando el objeto con el contraste, puedes simplemente llamar a dba.analyze() para que haga el resto del trabajo.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Examina el objeto
ar_bindingpara confirmar que contiene el contraste requerido. - Ejecuta el análisis de unión diferencial.
- Examina el resultado.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)