Anotar picos
En los ejercicios anteriores, creaste una tabla con las llamadas de picos combinadas de todas las muestras (disponible aquí como peaks_merged) y una tabla con anotaciones de genes (disponible como human_genes). Ahora toca combinar la información de ambas tablas usando la función annoPeaks() del paquete ChIPpeakAnno. Para cada pico que esté lo bastante cerca del sitio de inicio de un gen (según el argumento bindingRegion), esta función devolverá en un data frame información detallada sobre dicho gen. Esto incluye una columna, insideFeature, que indica dónde se encuentra el pico en relación con el gen.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Anota los picos con el gen más cercano.
- Determina cuántos picos quedaron anotados con genes.
- Crea una tabla resumen que indique dónde estaban los picos en relación con los genes.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)