Unificar picos
Antes de explorar cómo anotar las llamadas de picos, puede ser útil ver cómo obtener un conjunto de picos fusionado que incorpore las llamadas de todas las muestras. El paquete ChIPpeakAnno ofrece la función findOverlapsOfPeaks() para este propósito. Permite fusionar conjuntos de picos, representados como GenomicRanges, de hasta cinco muestras.
Antes de poder usar esta función, tendrás que extraer la información sobre las llamadas de picos del objeto ChIPQCexperiment que creaste antes. Puedes recuperar las ubicaciones de los picos con la función peaks(). Ten en cuenta que esto devolverá las llamadas de picos de todas las muestras, incluidas las que no superaron el control de calidad (QC). Un vector con los índices de las muestras que seleccionamos para el análisis posterior durante el paso de QC está disponible como qc_pass.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Extrae los picos del objeto ChIPQCexperiment.
- Descarta todas las muestras que no superaron el QC.
- Busca solapamientos entre conjuntos de picos usando la función
findOverlapsOfPeaks(). - Examina el conjunto de picos fusionado disponible en la entrada
mergedPeaks.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)