Volviendo a PCA y al mapa de calor
Ahora que has identificado las principales diferencias entre las muestras, puedes crear otro conjunto de gráficos para compararlas. Son muy similares a los que viste antes, pero esta vez solo usarás los picos con unión diferencial. Esto reduce el ruido en el gráfico y ayuda a destacar las diferencias. Las funciones de representación de DiffBind tienen un argumento contrast que te permite especificar qué comparación se debe usar para seleccionar los picos que se van a representar. En este ejercicio, compararás los gráficos originales con sus versiones depuradas.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)