Configurar el modelo
Antes de ejecutar la comparación entre grupos, tienes que indicarle a DiffBind cómo se dividen las muestras entre ellos. La forma más sencilla es usar una de las categorías predefinidas que DiffBind asigna a las muestras. Estas incluyen agrupaciones de uso común como la condición o el tejido asociado a cada muestra. Puedes indicar cuál quieres usar mediante el argumento categories, utilizando constantes como DBA_CONDITION y DBA_TISSUE. La página de ayuda de dba.contrast() contiene la lista completa de constantes disponibles.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Examina el objeto
ar_binding. - Identifica la categoría que corresponde a la condición Primary Tumor (primary) y Treatment Resistant (TURP).
- Establece el contraste para comparar los dos tipos de tumor.
- Examina el objeto
dba_peakspara confirmar que se ha añadido el contraste.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)