Visualizar diferencias en la unión de proteínas
Tanto el gráfico de PCA como el dendrograma indican que las muestras de tumores primarios y los tumores resistentes al tratamiento forman cada uno su propio clúster. Esto es prometedor, pero te dice muy poco sobre el aspecto de esas diferencias. En este ejercicio, crearás un mapa de calor que compara la intensidad de los picos entre muestras. Esto puede ayudar a resaltar patrones de unión de proteínas que distinguen entre grupos de muestras.
El conjunto de picos, consolidado entre muestras, está disponible como peaks. Para crear un mapa de calor de picos a partir de esto, tendrás que saber
cuántos picos hay en el conjunto de datos. Los detalles del conjunto de picos fusionados están disponibles en la entrada merged de peaks.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Imprime el objeto
peaks. - Obtén las coordenadas de los picos fusionados.
- Extrae el número de picos presentes en los datos.
- Crea un mapa de calor usando la función
dba.plotHeatmap.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)