Representar una región en detalle
Ahora te toca representar una región genómica con Gviz. Todos los datos de este ejercicio proceden del cromosoma 20 de una única muestra. Ya se ha creado un ideograma del cromosoma 20 y está disponible como ideogram. Las lecturas mapeadas ya se han convertido en datos de cobertura. Esta información está disponible como un objeto GRanges llamado cover_ranges. Las llamadas de picos en la región que vas a representar se guardan en el objeto peak_calls.
Cargar todos los datos y paquetes de R necesarios para este ejercicio puede tardar un poco. Ten paciencia.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Crea pistas de anotación para las llamadas de picos.
- Crea una pista de datos para la cobertura de lecturas.
- Muestra la gráfica con, de arriba a abajo, un ideograma, la pista de cobertura, la pista de llamadas de picos y un eje que muestre la posición genómica.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)