Picos vs. fondo
Ahora toca comparar la distribución de cobertura de los picos, las regiones en la lista negra y el fondo. En este ejercicio, vas a examinar datos del cromosoma 5.
Los recuentos de lecturas agrupados en bins para picos, regiones en la lista negra y fondo para este cromosoma están disponibles como peak_bins, bl_bins y bkg_bins, respectivamente. La columna score contiene los recuentos de lecturas.
Cargar todos los datos y paquetes de R necesarios puede tardar un momento. Ten paciencia, por favor.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Prepara los recuentos de lecturas para graficarlos organizándolos en data frames.
- Combina los tres data frames usando
rbind(). - Crea un diagrama de cajas (boxplot) de los recuentos de lecturas por tipo de bin.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()