Calcular la cobertura
Ahora te toca extender las lecturas hasta la longitud media de los fragmentos para obtener una mejor estimación de la cobertura. Al extender las lecturas, combinas las lecturas de ambos extremos de un fragmento en un único pico de cobertura, lo que ayuda a distinguir los picos del ruido de fondo.
El archivo BAM de la muestra GSM1598218 que usarás en este ejercicio ya se ha cargado por ti. La longitud media de los fragmentos de esta muestra es de 183 pb. Las lecturas están disponibles como un objeto GRanges llamado reads_gr.
Puede tardar un momento en cargarse todos los datos y paquetes de R necesarios para este ejercicio. Ten paciencia, por favor.
Este ejercicio forma parte del curso
ChIP-seq con Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Extiende las lecturas hasta la longitud media del fragmento.
- Calcula la cobertura de fragmentos.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)