Introducción a los experimentos de ChIP-seq. ¿Por qué son interesantes? Qué fenómenos se pueden estudiar con ChIP-seq y qué podemos aprender de estos experimentos.

¿Qué es ChIP-seq?

Resumen de ChIP-seq

Datos de secuenciación

Llamadas de picos

Flujo de trabajo de ChIP-seq

Mapa de calor

Genes que marcan la diferencia

Resumen de resultados de ChIP-seq

Entender los datos de ChIP-seq

Introducción a ChIP-seq

Ahora empieza de verdad el análisis de ChIP-seq. Este capítulo presenta herramientas de Bioconductor para importar y limpiar los datos.

Importar datos

Lectura de archivos BAM

Lectura de archivos BED

Analiza más de cerca los picos

Representar una región en detalle

Añadir anotaciones

Limpieza de datos de ChIP-seq

Eliminar regiones en la blacklist

Filtrado de lecturas

Compara los datos filtrados con las lecturas en bruto

Evaluar el enriquecimiento

Calcular la cobertura

Picos vs. fondo

Volver a lo básico: preparación de datos de ChIP-seq

Este capítulo presenta técnicas para identificar y visualizar diferencias entre muestras de ChIP-seq.

Introducción al binding diferencial

¿Te parecen iguales estas muestras?

Agrupar muestras (clustering)

Visualizar diferencias en la unión de proteínas

Prueba de unión diferencial

Cargar recuentos de lecturas

Configurar el modelo

Ajustar el modelo

Volviendo a PCA y al mapa de calor

Un análisis más detallado del binding diferencial

Gráfico MA

Gráfico volcán

Resumir las diferencias en la unión de proteínas

Comparación de muestras de ChIP-seq

Identificar la unión diferencial entre grupos de muestras está muy bien, pero ¿qué significa? Este capítulo trata estrategias para interpretar los resultados de unión diferencial y pasar de llamadas de picos a conclusiones con sentido biológico.

Interpretar picos de ChIP-seq

Unificar picos

Usar anotaciones

Anotar picos

¿Qué picos son diferentes?

Interpretar listas de genes

Asociar picos con genes

Encontrar temas comunes

Entender el impacto en las rutas

Un vistazo más de cerca a las rutas

Análisis avanzados de ChIP-seq

De picos a genes y a función

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Chromosome 20 dataset

El análisis de ChIP-seq es una rama importante de la bioinformática. Nos ofrece una ventana a la maquinaria que hace funcionar las células de nuestro cuerpo. Ya sea una neurona que te ayuda a leer esta página web o una célula inmunitaria patrullando tu cuerpo en busca de microorganismos que podrían enfermarte, todas comparten el mismo genoma. Lo que las diferencia son los genes que están activos en cada momento. Qué genes se activan lo determina un complejo sistema de proteínas que pueden activar y desactivar genes. Cuando esta maquinaria reguladora se descontrola, puede dar lugar a cáncer y otras enfermedades debilitantes. El análisis de ChIP-seq nos permite entender la función de las proteínas reguladoras, cómo pueden contribuir a la enfermedad y ofrece pistas sobre cómo podríamos intervenir para evitar que las células se desregulen. En este curso, explorarás un conjunto de datos real mientras aprendes a procesar y analizar datos de ChIP-seq en R.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Aprende a analizar e interpretar datos ChIP-seq con Bioconductor usando un conjunto de datos de cáncer humano.

ChIP-seq con Bioconductor en R

Aprende a analizar e interpretar datos ChIP-seq con la ayuda de Bioconductor utilizando un conjunto de datos sobre cáncer humano.

Análisis de datos genómicos en R

Compara los datos filtrados con las lecturas en bruto

ChIP-seq con Bioconductor en R

Ejercicio interactivo práctico