Výpočet křivky přežití z Coxova modelu
V tomto cvičení si zreprodukujeme příklad z videa podle následujících kroků:
- Vypočítat Coxův model
- Rozhodnout se o „fiktivních pacientech"
- Vypočítat křivky přežití
- Vytvořit
data.frames informacemi o křivce přežití - Vizualizovat
V tomto cvičení se zaměříme na první tři kroky, zbývající dva provedeme v dalším cvičení.
Balíčky survival a survminer a data GBSG2 jsou v tomto cvičení už načteny.
Toto cvičení je součástí kurzu
Survival Analysis in R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Cox model
cxmod <- ___(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)
# Imaginary patients
newdat <- expand.grid(
horTh = levels(GBSG2$___),
tsize = quantile(GBSG2$___, probs = c(0.25, 0.5, 0.75)))
___(newdat) <- letters[1:6]
# Inspect newdat
newdat