Odhad a vizualizace křivky přežití
Podívejme se na přežití pacientek s rakovinou prsu.
V tomto cvičení opět pracujeme s datasetem GBSG2.
Balíčky survival a survminer a data GBSG2 jsou v tomto cvičení již načteny.
Toto cvičení je součástí kurzu
Survival Analysis in R
Pokyny k cvičení
- Odhadni funkci přežití pro pacientky s rakovinou prsu.
- Vizualizuj odhadnutou funkci přežití pomocí funkce
ggsurvplot(). - Přidej do grafu tabulku rizik zobrazující počet pacientek sledovaných v daném čase. Použij k tomu argument
risk.table. - Přidej do grafu přímku znázorňující medián doby přežití. Použij k tomu argument
surv.median.line.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Kaplan-Meier estimate
km <- survfit(Surv(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Plot of the Kaplan-Meier estimate
ggsurvplot(___)
# Add the risk table to plot
ggsurvplot(___, ___ = TRUE)
# Add a line showing the median survival time
ggsurvplot(___, ___ = TRUE, ___ = "hv")