Beräkna överlevnadskurvan från en Cox-modell
I den här övningen ska vi återskapa exemplet från videon enligt följande steg:
- Beräkna Cox-modellen
- Bestäm "tänkta patienter"
- Beräkna överlevnadskurvor
- Skapa en
data.framemed information om överlevnadskurvan - Skapa ett diagram
I den här övningen fokuserar vi på de tre första stegen. De två återstående stegen tar vi hand om i nästa övning.
Paketen survival och survminer samt datamängden GBSG2 är redan inladdade.
Den här övningen är en del av kursen
Överlevnadsanalys i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Cox model
cxmod <- ___(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)
# Imaginary patients
newdat <- expand.grid(
horTh = levels(GBSG2$___),
tsize = quantile(GBSG2$___, probs = c(0.25, 0.5, 0.75)))
___(newdat) <- letters[1:6]
# Inspect newdat
newdat