Skatta och visualisera en överlevnadskurva
Nu ska vi titta på överlevnaden hos bröstcancerpatienter.
I den här övningen arbetar vi med datamängden GBSG2 igen.
Paketen survival och survminer samt datan GBSG2 är redan inlästa åt dig.
Den här övningen är en del av kursen
Överlevnadsanalys i R
Övningsinstruktioner
- Skatta en överlevnadsfunktion för bröstcancerpatienterna.
- Visualisera den skattade överlevnadsfunktionen med hjälp av funktionen
ggsurvplot(). - Lägg till en risktabell i diagrammet som visar antalet patienter under observation. Det gör du med argumentet
risk.table. - Lägg till en linje som visar medianöverlevnaden i diagrammet. Det gör du med argumentet
surv.median.line.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Kaplan-Meier estimate
km <- survfit(Surv(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Plot of the Kaplan-Meier estimate
ggsurvplot(___)
# Add the risk table to plot
ggsurvplot(___, ___ = TRUE)
# Add a line showing the median survival time
ggsurvplot(___, ___ = TRUE, ___ = "hv")