Övning med ignorerad censurering

Du anordnar en fest och klockan 01:00 börjar gästerna plötsligt dansa. Du är nyfiken på att analysera hur länge dina gäster dansar och börjar samla in data. Problemet är att du blir trött och lägger dig efter ett tag.

Du samlar in följande högercensurerade danstidsdata i dancedat:

name är namnet på din vän.
time är den högercensurerade danstiden.
obs_end anger om du observerade slutet på din väns dans (1) eller om du lade dig innan de slutade dansa (0).

På morgonen börjar du analysera datan, men du är trött och ignorerar inledningsvis att du har censurerade observationer. Sedan minns du den här kursen på DataCamp och gör det på rätt sätt.

Paketet survival är redan inläst i den här övningen.

Den här övningen är en del av kursen

Överlevnadsanalys i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Skatta överlevnadsfunktionen som om alla censurerade observationer vore faktiska observationer.
Skatta överlevnadsfunktionen från det här datasetet med Kaplan-Meier.
Rita de två överlevnadskurvorna – den korrekta och den felaktiga – med ggsurvplot_combine() och jämför dem. Notera hur de skiljer sig åt.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Create dancedat data
dancedat <- data.frame(
  name = c("Chris", "Martin", "Conny", "Desi", "Reni", "Phil", 
    "Flo", "Andrea", "Isaac", "Dayra", "Caspar"),
  time = c(20, 2, 14, 22, 3, 7, 4, 15, 25, 17, 12),
  obs_end = c(1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0))

# Estimate the survivor function pretending that all censored observations are actual observations.
km_wrong <- survfit(___(time) ~ 1, data = dancedat)

# Estimate the survivor function from this dataset via kaplan-meier.
km <- survfit(___(___, ___) ~ ___, data = dancedat)

# Plot the two and compare
ggsurvplot_combine(list(correct = ___, wrong = ___))

Redigera och kör kod