Normalisering av räkningar med DESeq2
Vi har skapat DESeq2-objektet och vill nu utföra kvalitetskontroll på våra prover. Därför behöver vi generera de normaliserade räkningarna – normaliserade för biblioteksstorlek, det vill säga det totala antalet genräkningar per prov, med hänsyn till bibliotekets sammansättning. Använd DESeq2-objektet för att generera den normaliserade räkningsmatrisen.
Den här övningen är en del av kursen
RNA-Seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
Skatta storleksfaktorerna för smoc2-räkningsdata med funktionen
estimateSizeFactors()och spara resultatet tillbaka i objektetdds_smoc2Extrahera de normaliserade räkningsvärdena från
dds_smoc2och spara dem somsmoc2_normalized_countsmed funktionencounts().
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)