Skapa DE-objektet

OBS: Det kan ta lite längre tid att ladda den här övningen.

Använd smoc2-överexpressionssamplerna för att skapa DESeq2-objektet med en designformel som specificerar jämförelsen av expressionsskillnaderna mellan fibros- och normalsamplerna. Metadata för experimentet visas nedan. Data är inläst med samplerna i samma ordning för smoc2:s råräkningar, reordered_smoc2_rawcounts, och metadata, smoc2_metadata.

smoc2 metadata

Den här övningen är en del av kursen

RNA-Seq med Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Skapa ett DESeq2-objekt med namnet dds_smoc2 med hjälp av funktionen DESeqDataSetFromMatrix() genom att ange argumenten: countData, colData och design.
Kör funktionen DESeq() för att skatta storleksfaktorerna, beräkna dispersioner och utföra modellanpassning och testning.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)

Redigera och kör kod