DESeq2-modellen – extrahera resultat

OBS: Den här övningen kan ta något längre tid att läsa in.

Efter att ha undersökt spridningarna och bedömt att data passar DESeq2-modellen väl vill vi nu extrahera resultaten.

Antag att alla föregående steg har utförts, inklusive skapandet av DESeq2-objektet dds_smoc2 och körningen av funktionen DESeq().

Den här övningen är en del av kursen

RNA-Seq med Bioconductor i R

Använd funktionen results() för att ange kontrasten för jämförelsen med ett alfavärde på 0.05. För villkoret av intresse, condition, returnerar du resultaten för exempelgruppen fibrosis i förhållande till exempelgruppen normal, så att normal utgör basnivån.

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)