RNA-Seq DE-analys – experimentplanering

Grunden för en lyckad differentialexpressionsanalys med RNA-Seq är god experimentplanering. För att undvika batcheffekter och säkerställa att kända variationskällor fördelas jämnt mellan provgrupper ska du nu välja det bästa sättet att batcha proverna för ditt planerade RNA-Seq-experiment.

Vår metadata innehåller information om proverna, bland annat:

• sample: provets namn
• treatment: A eller B
• sex: M eller F
• replicate: 1, 2, 3, 4

På grund av den tidskrävande processen för vävnadsuttag kan du bara isolera RNA från 4 prover åt gången, och vi har 4 biologiska replikat per grupp. Vilket av följande alternativ ger det bästa sättet att batcha proverna för RNA Isolation för att undvika batcheffekter:

• Alternativ A:

• Alternativ B:

• Alternativ C:

• Alternativ D: