Utforskning av DESeq2-resultat

OBS: Den här övningen kan ta lite längre tid att läsa in.

För att minska antalet DE-gener som returneras och öka sannolikheten för att de är biologiskt meningsfulla, använder vi ett litet tröskelvärde för log2-vikning när vi identifierar DE-generna.

Den här övningen är en del av kursen

RNA-Seq med Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Extrahera smoc2-resultaten med funktionen results(), på samma sätt som tidigare, med ett alpha-värde på 0,05 och normal som basnivå för condition. Använd den här gången ett tröskelvärde för log2-vikning på 0,32. Anta att alla tidigare steg har körts, inklusive skapandet av DESeq2-objektet dds_smoc2 och körning av funktionen DESeq().
Utför krympning av log2-vikningarna med funktionen lfcShrink().

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Redigera och kör kod