Normalizarea valorilor cu DESeq2

Am creat obiectul DESeq2 și acum dorim să efectuăm controlul calității pe eșantioanele noastre. Prin urmare, trebuie să generăm valorile normalizate (normalizate în funcție de dimensiunea bibliotecii, adică numărul total de citiri per eșantion, ținând cont și de compoziția bibliotecii). Pentru a obține valorile normalizate, folosește obiectul DESeq2 și generează matricea de valori normalizate.

Acest exercițiu face parte din cursul

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Estimează factorii de dimensiune pentru datele de numărătoare smoc2 folosind funcția estimateSizeFactors() și salvează rezultatul înapoi în obiectul dds_smoc2
Extrage valorile normalizate din dds_smoc2 și salvează-le ca smoc2_normalized_counts folosind funcția counts().

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Editează și rulează codul