Rezultate DESeq2 - reducerea LFC

NOTĂ: Este posibil ca acest exercițiu să dureze puțin mai mult să se încarce.

Pentru a îmbunătăți estimările fold change pentru datele noastre, dorim să aplicăm reducerea log2 fold changes folosind funcția lfcShrink().

Presupune că toți pașii anteriori au fost executați, inclusiv crearea obiectului DESeq2, dds_smoc2, rularea funcției DESeq() și extragerea rezultatelor, smoc2_res.

Acest exercițiu face parte din cursul

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Aplică reducerea log2 fold changes folosind funcția lfcShrink().

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Editează și rulează codul