Rezumatul fluxului de lucru RNA-Seq DE

NOTĂ: Acest exercițiu poate dura puțin mai mult să se încarce.

Hai să parcurgem fluxul de lucru DESeq2 folosind setul complet de date, care include atât eșantioanele de tip sălbatic, cât și cele cu supraexpresie smoc2. Am încărcat deja bibliotecile DESeq2 și dplyr și am citit fișierul de metadate, all_metadata, și fișierul cu numărătorile brute, all_rawcounts.

full metadata

Acest exercițiu face parte din cursul

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Verifică că eșantioanele sunt în aceeași ordine atât în all_rawcounts, cât și în all_metadata, folosind funcțiile rownames(), colnames(), all() și operatorul %in%.
Creează obiectul DESeq2 folosind design-ul corespunzător, testând efectul lui condition și controlând pentru genotype.
Creează obiectul DESeq2 folosind design-ul corespunzător, controlând individual pentru genotype și condition, dar testând interacțiunea genotype:condition.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Check that all of the samples are in the same order in the metadata and count data
all(___(___) %in% ___(___))

# DESeq object to test for the effect of fibrosis regardless of genotype
dds_all <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ___,
                        colData = ___,
                        design = ___)

# DESeq object to test for the effect of genotype on the effect of fibrosis                        
dds_complex <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ___,
                                ___,
                                ___)

Editează și rulează codul