Analiza DE RNA-Seq - planificarea experimentului
Un element esențial pentru o analiză reușită a expresiei diferențiale în RNA-Seq este planificarea atentă a experimentului. Pentru a evita efectele de lot și a distribui sursele cunoscute de variație între grupurile de eșantioane, va trebui să alegi cea mai bună modalitate de grupare a eșantioanelor pentru experimentul RNA-Seq planificat.
Metadatele noastre conțin informații despre eșantioane, inclusiv:
- sample: numele eșantionului
- treatment: A sau B
- sex: M sau F
- replicate: 1, 2, 3, 4
Din cauza procesului îndelungat de extracție a țesuturilor, poți izola ARN-ul din cel mult 4 eșantioane în același timp, iar experimentul include 4 replici biologice per grup. Care dintre variantele de mai jos reprezintă cea mai bună modalitate de grupare a eșantioanelor pentru RNA Isolation, astfel încât să eviți efectele de lot:
- Opțiunea A:
- Opțiunea B:
- Opțiunea C:
- Opțiunea D:
Acest exercițiu face parte din cursul
RNA-Seq cu Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Transformă teoria în practică cu unul dintre exercițiile noastre interactive
Începe exercițiul