Modelul DESeq2 – extragerea rezultatelor

NOTĂ: Acest exercițiu poate dura puțin mai mult să se încarce.

După explorarea dispersiilor și confirmarea că datele se potrivesc bine modelului DESeq2, vrem să extragem rezultatele.

Presupune că toți pașii anteriori au fost executați, inclusiv crearea obiectului DESeq2, dds_smoc2, și rularea funcției DESeq().

Acest exercițiu face parte din cursul

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Folosește funcția results() pentru a specifica contrastul comparației, utilizând un alpha de 0.05. Pentru condiția de interes, condition, afișează rezultatele pentru grupul de eșantioane fibrosis față de grupul normal, astfel încât grupul normal să fie nivelul de bază.

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)