Crearea obiectului DE

NOTĂ: Este posibil ca acest exercițiu să dureze puțin mai mult până se încarcă.

Using our smoc2 overexpression samples, create the DESeq2 object such that the design formula specifies the comparison of the expression differences between the fibrosis and normal samples. The metadata for the experiment is displayed below. We have the data read in with the samples in the same order for the smoc2 raw counts, reordered_smoc2_rawcounts, and the metadata, smoc2_metadata.

smoc2 metadata

Acest exercițiu face parte din cursul

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Creează un obiect DESeq2 numit dds_smoc2 folosind funcția DESeqDataSetFromMatrix(), specificând argumentele: countData, colData și design.
Rulează funcția DESeq() pentru a estima factorii de dimensiune, a calcula dispersiile și a realiza ajustarea modelului și testarea.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)

Editează și rulează codul