Struktura pliku .mat w Pythonie

W tym ćwiczeniu sprawdzisz, co zawiera słownik MATLAB wczytany w poprzednim ćwiczeniu.

Plik 'albeck_gene_expression.mat' jest już załadowany do zmiennej mat. Następujące biblioteki zostały zaimportowane w ten sposób:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Podobnie jak wcześniej, plik zawiera dane ekspresji genów z laboratorium Albecka na Uniwersytecie Kalifornijskim w Davis.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do importowania danych w Pythonie

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Użyj metody .keys() na słowniku mat, aby wyświetlić jego klucze. Większość z nich (a konkretnie te, które NIE zaczynają się i nie kończą znakami '__') to zmienne z odpowiadającego środowiska MATLAB.
Wyświetl typ wartości przypisanej do klucza 'CYratioCyt' w słowniku mat. Pamiętaj, że mat['CYratioCyt'] umożliwia dostęp do tej wartości.
Wyświetl kształt wartości przypisanej do klucza 'CYratioCyt', korzystając z funkcji shape() biblioteki numpy.
Uruchom cały skrypt, aby zobaczyć oscylacyjne dane ekspresji genów!

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Edytuj i uruchom kod